A podridão peduncular é um dos principais fatores que comprometem a comercialização da seriguela. Essa doença é comumente associada a Lasiodiplodia theobromae, porém, estudos relatam outras espécies de Botryosphaeriaceae associados a esse sintoma em outras frutas. O objetivo dessa pesquisa foi identificar as espécies de Botryosphaeriaceae associadas a podridão de frutos em seriguela nos Estados de Pernambuco e Ceará. Foram coletadas seriguelas em quintais produtivos e pequenas propriedades rurais em municípios Cearenses e no estado de Pernambuco. Os frutos foram desinfestados superficialmente e colocados em câmara úmida em condições de laboratório até o aparecimento do sintoma de podridão. Os frutos com sintomas foram submetidos ao processo de isolamento. Em seguida foi realizado o teste de patogenicidade dos isolados fúngicos obtidos, estes foram avaliadas em frutos de seriguela maduros e sem sintomas de doenças. Os frutos foram lavados em água corrente, desinfestados superficialmente em solução de NaClO a 1,5% por 1 minutos e lavados com água destilada esterilizada. Após a secagem, um disco de micélio (3 mm de diâmetro) de cada isolado foi removido da margem de colônia com 5 dias de crescimento em BDA e transferido na superfície do fruto. Para a testemunha, foram utilizados discos de BDA não colonizados pelo fungo. Os isolados patogênicos foram purificados e submetidos a extração e amplificação do DNA genômico da região ITS e dos genes EF1-α e TUB. As sequências dos 79 isolados representativos foram comparadas com sequências de referência de espécies fúngica da família Botryosphaeriaceae. Os isolados se agruparam em clados com espécies de diferentes gêneros de Botryosphaeriaceae. A maioria dos isolados se agruparam com as espécies do gênero Lasiodiplodia e L. iraniensis é a espécie de Botryosphaeriaceae com maior frequência associada a podridão peduncular dos frutos de seriguela nos Estados de Permanbuco e Ceará.